Onmyouji merupakan panggilan untuk orang yang membunuh para “Kegare”. Kegare itu sendiri ialah Monster yang berasal dari dunia lain, dunia tersebut bernama Magano, dan Magano merupakan tempat berkumpulnya para Kegare.
Bercerita tentang seorang remaja bernama Enmado Rokuro, ia merupakan seorang anak yang terlahir dari keluarga exorcist. dirinya lebih menyukai menyanyi, sepak bola atau hal-hal lainnya yang tidak ada kaitannya dengan exorcist. Suatu hari Rokuro bertemu dengan seorang exorcist bernama Adashino Benio yang terjatuh dari langit dan ia langsung menolongnya.
Kedatangan Benio memaksa potensi spirit yang ada dalam diri Rokuro meningkat. Karena persaingan mereka berdua, mereka mendapatkan gelar “Twin Star Exorcist”, dua pejuang tertinggi yang diramalkan untuk menikah dan melahirkan seorang prajurit exorcist tingkat tinggi. Dari sinilah cerita panjang mereka dimulai.