Yoshino Koharu merupakan seorang wanita yang baru lulus kuliah dan kini masih berjuang untuk mencari pekerjaannya di Tokyo. Awalnya ia merasa dapat hidup mandiri dan nyaman setelah lulus, namun ternyata tak semudah yang ia bayangkan. Pada suatu hari, akhirnya dirinya mendapat tawaran pekerjaan menjadi seorang maskot di sebuah desa yang dulunya terkenal namun kini telah tertinggalkan.
Disana Yoshino menjadi maskot Ratu Kerajaan Chupakabura yang dulunya merupakan salah satu daya tarik dari desa tersebut. Namun, Yoshino merasa enggan untuk melakukan pekerjaan itu, ditambah lagi dirinya merasa dibohongi dengan kontraknya, yang awalnya hanya 1 hari kerja malah menjadi 1 tahun. Oleh sebab itu, Yoshino pun terpaksa melakukan pekerjaan aneh ini.
Selama beberapa hari disana, banyak orang-orang desa membantu dirinya, ia mulai merasa ada sesuatu yang mengganjal dan membuatnya ingin untuk menghidupkan kembali industri pariwisata di desa tersebut beserta teman-teman baru yang ia temui disana.
Dari sinilah cerita Sakura Quest dimulai. Apakah yang akan mereka berlima lakukan untuk menghidupkan kembali desa tersebut?