Echo Reck merupakan seorang remaja dari Liverchester, sebuah kota yang menjadi tempat pusat pembuangan sampah dari kota-kota lain, Suatu hari Echo menemukan seorang gadis yang ternyata merupakan seorang player karena memiliki port dibagian tubuhnya.
Player merupakan alat/orang yang dapat mengendalikan Equipment, sebuah alat yang mirip seperti robot yang digunakan untuk melawan Earless, Eearless sendiri merupakan monster yang menyerang manusia di masa depan ini.
Player yang ditemukan oleh Echo kini diberi nama Mu (μ) karena sebelumnya Mu terkena amnesia dan tak mengetahui asal usul dirinya sebelumnya. Echo yang awalnya tak memiliki kepercayaan diri kini memutuskan untuk pergi untuk keluar dari Liverchester bersama Mu. Dari sinilah kisah awal mereka berdua dimulai