Bercerita tentang seorang siswa bernama Takuya Arima, baru-baru ini ia kehilangan ayahnya yang dinyatakan meninggal pada liburan musim panas karena hilang saat melakukan penelitian yang berada di sebuah tempat konstruksi mereka.
Tapi suatu hari, ia mendapatkan paket misterius yang ternyata berisi sebuah benda layaknya artefak kuno, dan keesokan harinya ia mendapati kembali sebuah paket misterius berisi buku dan sebuah surat yang ditulis oleh ayahnya.
Di surat tersebut tertulis pesan yang menyebutkan tentang dunia pararel dan perjalanan dalam melintasi ruang. Dan mungkin saja ayah Takuya masih hidup dan berada di dunia yang berbeda. Dari sinilah Takuya mulai menelusuri tentang teka-teki yang selama ini ayahnya tinggalkan.