Berlatar pada 1937 ketika Perang Dunia II masih berkecamuk. Di saat itu, tentara Jepang memilih untuk membentuk sebuah organisasi pelatihan mata-mata. D Agency, nama organisasi yang dibentuk pada tahun yang sama.
Organisasi ini dipimpin oleh Letnan Kolonel Yuuki. Berdasarkan informasi, Yuuki dulunya adalah Agen Jenius yang mendapatkan banyak rahasia di wilayah musuh. Sayangnya, ia dikhinati oleh sekutu dan tertangkap.
Di organisasinya, Yuuki akan menolak lulusan Akademi Militer. Ia juga mencari seseorang yang ahli dalam berbagai hal, mulai dari menyamar, menguasai banyak bahasa, serta mampu membobol sistem keamanan. Dalam perjalannya, Yuuki mencari di berbagai belahan dunia dan berhasil mengumpulkan anggota organisasi dalam jumlah banyak.