Di dunia ini, Hunter merupakan salah satu pekerjaan yang menjanjikan bagi kebanyakan orang. Seorang Hunter dapat memiliki banyak pekerjaan seperti menangkap penjahat, mencari harta-harta tersembunyi, memetakan wilayah yang belum terjamak, dan berbagai macam hal lainnya. Bahkan tak sedikit dari mereka yang saling membunuh satu sama lain untuk mendapatkan buruannya.
Disini bercerita tentang seorang anak berusia 12 tahun bernama Gon Freecss. Ia memiliki tujuan untuk mencari ayahnya yang merupakan seorang Hunter Professional yang telah lama menghilang sejak ia masih kecil. Gon menyadari, bahwa untuk menjadi Hunter tak semudah yang ia bayangkan, bahkan dalam ujian yang diikuti oleh ribuan pendaftar, hanya beberapa dari mereka yang berhasil. Walaupun begitu, Gon tetap percaya diri dan memulai perjalanannya.
Dalam perjalanannya, ia bertemu dengan calon dokter Paladiknight Leorio, anggota suku Kurata terakhir Kurapika, dan mantan pembunuh bayaran Killua Zoldyck. Gon akhirnya berteman dan memulai perjalanannya bersama mereka dalam menempuh ujian Hunter. Dari sinilah kisah petualangan mereka dimulai.