Godzilla Singular Point mengisahkan seorang gadis  muda nan jenius bernama Mei Kamino. Kamino merupakan seorang peneliti yang mempelajari “makhluk tidak ada’. Kamino digambarkan sebagai seorang gadis ceria dan percaya diri. Selain itu, sifatnya yang suka linglung membuatnya sering kehilangan banyak hal.
Dalam perjalannya, Mei ditemani oleh seorang insinyur muda bernama Yun Arikawa. Yun saat ini bekerja sebagai insinyur di Pabrik Otaki. Arikawa memiliki keterampilan dalam hal robot dan pemrograman. Namun, ia mengalami kesulitan dalam hal interaksi.
Suatu hari, Mei Kamino dan Yun Arikawa terlibat dalam pertarungan Godzilla bersama dengan teman-temannya. Lantas, bagaimana cara keduanya mengatasi masalah tersebut?