Di kalangan masyarakat terutama para siswa, ada sebuah legenda urban yang menceritakan Boogiepop. Boogiepop adalah Shinigami (Dewa Kematian) yang dipercaya dapat membebaskan seseorang dari rasa sakit & penderitaan. Menurut sebagian siswa, legenda itu nyata dan benar adanya.
Semua berawal dari hilangnya siswi-siswi Akademi Shinyo. Satu persatu dari mereka hilang secara tiba-tiba tanpa adanya petunjuk apapun. Oleh karena itu, pihak sekolah dan kepolisian menganggap peristiwa tersebut sebagai pelarian biasa.
Namun untuk beberapa siswa, yakni Nagi Kirima & Takeji Kaeda, mereka tahu betul fakta yang ada. Peristiwa-peristiwa aneh mulai terjadi, apakah ini ulah Boogiepop? atau ada hal lain yang lebih mengerikan sedang terjadi?