Kyon merupakan siswa SMA yang normal dan biasa-biasa saja, menjalani kehidupan layaknya siswa-siswa lainnya. Ia telah menghilangkan keingintahuannya terhadap hal-hal supernatural yang biasa dimiliki oleh anak kecil dan menerima kehidupan biasa yang nyata ini.

Sampai ketika Kyon bertemu dengan seorang gadis dikelasnya, ia adalah Haruhi Suzumiya, seorang gadis yang aneh dan eksentrik. Bahkan saat perkenalan pertama di kelasnya, Suzumiya secara blak-blakan menyebut bahwa dirinya tak tertarik dengan apapun selain hal-hal yang berbau supernatural dan hal aneh seperti alian, penjelajah waktu, penyihir, esper, dan berbagai macam hal aneh lainnya.

Namun karena rasa penasaran Kyon terhadap Suzumiya membuat dirinya terseret kedalam kehidupan aneh Suzumiya, bahkan kini mereka membuat klub aneh yang diberi nama dengan Satuan SOS. Anggotanyapun sedikit melenceng dari kebanyakan siswa pada umunya, Nagato, seorang kutu buku yang selalu diam, Asahina yang lugu dan pemalu, dan Koizumi yang selalu tersenyum.

Di dalam klub yang diketuai oleh Suzumiya inilah petualangan klub mereka dimulai.