Wajutsushi mengisahkan Noel, seorang anak laki-laki dan juga cucu dari pahlawan legendaris bernama Over Death. Ketika kecil dulu, Noel kehilangan sang kakek karena melindungi dirinya dari serangan Void. Ia pun berjanji akan mengikuti jejak sang kakek menjadi seorang Seeker.

Beberapa tahun setelahnya, Noel kini menjadi seorang Seeker dengan mengemban tugas sebagai pendukung karena ia tidak memiliki kekuatan untuk bertarung. Walau begitu, Noel yang jago dalam berkomunikasi menggunakan kemampuannya tersebut untuk membentuk sebuah kelompok.