Di masa sekarang, Jepang mengalami sebuah insiden yang dinamakan Rusting Wind. Insiden ini membuat segala sesuatu berubah menjadi Karat. Cerita pun berpusat terhadap Bisco Akaboshi, seorang remaja yang berasal dari Mushroom Guardian.

Nah, Bisco sendiri tengah melakukan perjalanan untuk mencari jamur bernama Rust Eating. Jamur ini merupakan obat yang bisa menghilangkan karat. Dalam perjalanannya, Bisco bertemu dengan Miro, seorang dokter yang juga tengah mencari obat.

Sekarang, keduanya memiliki bekerja sama dan mencari obat yang tengah mereka cari. Mampukah mereka mendapatkannya?