Berlatar waktu di tahun 1924-an Bercerita tentang seorang pemuda bernama Kujou Kazuya yang baru saja pindah dari jepang dan bersekolah di Akademi St. Marguerite.

Baru saja pindah kesana ia sudah dijuluki dengan “The black reaper who comes in spring” yang merupakan salah satu legenda cerita hantu yang tersebar di sekolah. Hal itu disebabkan karena ia yang memiliki mata dan rambut berwarna hitam yang membuatnya susah untuk mencari teman.

Ada sebuah tradisi aneh di Akademi tersebut dimana seseorang yang ingin berteman dengan murid lainnya harus saling menceritakan kisah hantu yang mereka miliki. Wali kelas Kujou menyarankannya untuk ke perpustakaan dan membaca buku mengenai legenda hantu.

Disanalah Kujou bertemu dengan seorang gadis cantik, mungil, penyendiri yang memiliki sifat buruk namun ia sangat jenius, apalagi dalam memecahkan misteri, ia bernama Victorique. Victorique sendiri yang setiap harinya membolos dan hanya berdiam diri di perpustakaan membuat Kujou berulang-ulang kembali kesana untuk mengunjungi victorique.

Hingga akhirnya banyak sekali misteri bahkan sampai kasus pembunuhan yang harus mereka lewati.

Disinilah cerita mereka dimulai dengan banyak kasus tanpa henti yang harus mereka lewati bahkan harus mengancam nyawa mereka