Di suatu sekolah, tepatnya saat jam pelajaran sedang berlangsung, tiba-tiba saja datang seorang pria berbaju merah langsung saja menyerang mereka tanpa alasan yang jelas. Kejadian tersebut membuat semua orang yang berada di dalam kelas tersebut mati, Kecuali satu orang, ialah Igarashi Ganta.

Bagai sudah jatuh tertimpa tangga, Ganta yang baru saja shock karena tragedi tersebut malah dituduh sebagai tersangka dalam kasus itu. Ia difitnah dengan tuduhan membunuh teman-temannya karena hanya dia sendiri yang masih hidup.

Akibat tuduhan tersebut Ganta dijatuhkan hukuman mati. Sebelum dihukum mati, ia sekarang harus dipenjarakan di sebuah penjara khusus yang bernama Deadman Wonderland. Berbeda dengan penjara seperti biasanya, penjara ini mengumpulkan dana dengan membuat atraksi sirkus yang menggunakan para tahanan sebagai pemainnya.

Tak tanggung-tanggung acara dan game yang dibawakan oleh mereka adalah dengan mengancam nyawa bahkan berujung kematian, anehnya atraksi tersebut sangat disukai oleh pengunjung.

Disinilah Ganta hidup, namun suatu keanehan terjadi di dalam dirinya, ia bahkan harus dipindahkan ke penjara khusus yang hanya berisi para “Deadman”, sampai ia tahu rahasia yang begitu gelap di penjara tersebut bahkan jauh lebih kelam dari yang ia bayangkan.